Le principali funzioni di R sono disponibili dal menu di R Commander, ma — attraverso la finestra dello script — è possibile inserire o modificare i comandi a mano.

A questo scopo, bisogna tenere conto che, trattandosi di uno script:

• Non prevede il prompt con >;
• L’invio non comporta l’esecuzione del comando;
• Per far eseguire il comando (o i comandi) è necessario collocarsi sulla riga - o evidenziare la porzione di codice da eseguire - e cliccare sul pulsante Esegui.

Quando si esegue un comando da menu, le righe di comando vengono riportate nella finestra di comando, e nella finestra dei risultati appare l'output (in modo simile a come appare in R).

È possibile salvare i comandi utilizzati in un File di comandi (script), caricare files di comandi salvati, oltreché utilizzarli e modificarli per eseguire funzioni più complesse o di routine.

È anche presente una finestra per comporre un file RMarkdown, che consente di esportare comandi, risultati, e testo aggiuntivo in files di altri formati (HTML, Word, PDF). A tale scopo, è necessario installare software ausiliario (dal menu Strumenti).

Per quanto riguarda i comandi eseguiti da menu, il file è composto automanticamente. Questo significa che il file esportato conterrà il testo inserito dall'utente, i comandi e gli output (grafici inclusi)¹⁾.