Con R, è possibile creare testi nei quali è possibile integrare ed eseguire codice R. Ciò significa che il codice può essere modificato e rieseguito, con dati aggiornati o con nuovi dati, generando un report aggiornato. Questi documenti finali includono sia il codice R utilizzato, sia i risultati dell’analisi (tabelle, grafici e statistiche), sia altro testo esplicativo¹⁾. Questi documenti possono essere esportati in diversi formati, fra i quali Word, PDF e HTML.

Tutto quello che serve per avere un report completo dell'analisi è insomma il file dei dati e uno script.

Si tratta di report di analisi dinamici e riproducibili, a partire dai quali è possibile, sempre all'interno dello stesso ecosistema di strumenti, generare articoli, libri, tesi di laurea, presentazioni, e altro ancora.

Nei miei corsi, suggerisco agli studenti di cominciare creando un documento in un formato a loro familiare (generalmente Word), da modificare successivamente, senza preoccuparsi troppo del formato finale. La cosa importante è iniziare con un file pienamente riproducibile per quello che riguarda l'analisi dei dati, e che permetta di inserire (ad esempio nella tesi) i grafici e gli output che servono.

Vediamo quali sono gli strumenti di base con i quali iniziare a familiarizzare per iniziare a creare ed usare questi report.

RMarkdown, integrato nativamente in RStudio e nell’ecosistema R, è diventato rapidamente lo standard per la creazione di report a partire dai notebook RStudio. La sua sintassi, basata su quella di Markdown (vedi oltre), consente di combinare agevolmente testo formattato, codice R e i suoi output (tabelle, grafici, mappe) in un unico documento. È dunque particolarmente utile per documentare analisi, condividere risultati, scrivere articoli scientifici e creare presentazioni, mantenendo la connessione diretta con il codice che ha generato tali risultati.

Le basi di RMarkdown

Il successore di RMarkdown è Quarto: basato come il primo su markdown, introduce però un supporto esteso anche per altri linguaggi di programmazione, e un numero maggiore di formati di esportazione. Indipendente da RStudio, può essere anche usato in altri contesti e va installato separatamente.

Per questa ragione, e per il fatto che i notebook sono disponibili solo in RMarkdown, generalmente nei corsi inizio con il primo. I notebook sono infatti molto utili e veloci, e possono essere facilmente “riciclati” come documenti di Quarto.

Ad un utente minimamente avanzato di R e RStudio, consiglierei quindi di iniziare con Quarto + notebook Rmd.

Come detto, sia RMarkdown che Quarto si basano sulla sintassi Markdown, un linguaggio di markup leggero dalla sintassi di formattazione molto semplice (si veda ad esempio questa guida in inglese). È oramai ampiamente utilizzato non solo per la documentazione del software o la creazione di pagine web, ma anche in molti sistemi per l'organizzazione delle note, per la formattazione di messaggi nelle chat (anche in Whatsapp è possibile evidenziare una parola ponendola fra asterischi, ad esempio), delle risposte testuali dei chatbot di intelligenza artificiale.

La combinazione che spesso questi ultimi usano, e cioè testo e blocchi di codice (chunks) per mostrare risultati di elaborazione dati, permette ai chatbot di presentare informazioni formattate e risultati di calcoli in modo chiaro e leggibile. Si tratta della stessa combinazione che usano i report riproducibili di R.

Gradualmente, inoltre, molti sistemi di scrittura da ufficio (come Microsoft Word o Google Documenti) stanno aggiungendo il supporto a Markdown. A luglio 2025, il blocco note di Windows ha introdotto il supporto a Markdown.

RStudio offre un supporto integrato per RMarkdown, ma anche per l’editing visuale di entrambi i formati, e per generare l’output in diversi formati di documento.

Per i documenti in pdf, è necessario avere un’installazione LaTeX, semplificata dal pacchetto Tinytex.

Markdown: basi della sintassi

Il sistema che rende possibile questa “magia”, cioè la trasformazione di documenti di puro in testo, in documenti formattati in vari formati e con strutture complesse è Pandoc.

RStudio ne include una versione integrata e facilmente utilizzabile.

Anche se per iniziare non è necessario approfondire il suo funzionamento e i suoi comandi, per personalizzazioni avanzate quali, formati specifici per tesi o articoli, ma soprattutto per i riferimenti bibliografici, la conoscenza dei comandi e delle opzioni di Pandoc diventa indispensabile.