La finestra del programma è quella mostrata nell'immagine che segue: quattro pannelli, dei quali quello in basso a sinistra è dedicato alla console. Sopra alla console, troviamo il pannello con l’editor degli script e degli altri file gestiti dal programma; in altro a destra le schede dell’area di lavoro e alla history. Infine, accanto alla console, troviamo il pannello con le finestre dei grafici (Plots), dei pacchetti (Packages), dell’aiuto (Help).

Nell’immagine, il navigatore dei file è in alto anziché in basso, perché è possibile personalizzare i pannelli (dal menu Tools / Global Options).