Il pairwise t-test, o test t per dati appaiati, effettua un confronto a coppie fra gruppi (modalità di una variabile), con correzione del valore $p$ (si tratta infatti di una comparazione multipla).

In particolare, il test serve a controllare se la differenza media tra coppie di misurazioni è o meno significativa. L'ipotesi nulla è dunque che la differenza fra le coppie sia pari a zero.

Esempio (test post-hoc dell'esempio alla pagina Anova a una via (One Way Anova)):

Es-pairwise-t.R

pairwise.t.test(ChickWeight$weight, ChickWeight$Diet,
                p.adjust.method = "bonferroni")

## 	Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 
## 
## data:  ChickWeight$weight and ChickWeight$Diet 
## 
##   1       2       3      
## 2 0.06838 -       -      
## 3 2.5e-06 0.14077 -      
## 4 0.00026 0.95977 1.00000
## 
## P value adjustment method: bonferroni

Il risultato è una matrice con i valori del $p$ corretto. Le correzioni disponibili sono quelle disponibili nella funzione p.adjust(): “holm”, “hochberg”, “hommel”, “bonferroni”, “BH”, “BY”, “fdr” (vedi RDocumentation per i dettagli).